Bermula pada tahun 1971, Alm. H. Karno bersama tokoh masyarakat yang didukung pula oleh pejabat daerah (Kecamatan) bersepakat untuk mendirikan sekolah lanjutan, yaitu PGA yang diberi nama PGA Daerah, dan ST (Sekolah Teknik). Kedua Sekolah tersebut bernaung dibawah Yayasan Raden Fatah, yang diketuai oleh Bapak H. Sirot. Pada tahun 1980 PGA Daerah Ngraho beralih nama karena ada “Restrukturtisasi” PGA dari Pemerintah. Untuk kelas 1.2.3 menjadi MTs (Madrasah Tsanawiyah) dan kelas 4,5,6 menjadi MA (Madrasah Aliyah). MA Raden Fatah berada di tempat yang sangat strategis. Selain tempatnya yang berada di samping jalan raya Ngawi- Bojonegoro juga lokasinya berdekatan dengan MTsN Ngraho dan SMPN 1 Ngraho.

 

Pengusulan negeri  pada MA Raden Patah Ngraho merupakan keputusan final para pengurus yayasan dan tokoh masyarakat, agar di daerah Ngraho berdiri lembaga pendidikan formal islam Negeri yang standar, berkualitas, memiliki daya saing tinggi dengan pendidikan formal yang lain. Berdasarkan SK Menag No. 107 Tahun 1997, tanggal 17 Maret 1997 Madrasah Aliyah Raden fatah Ngraho berubah status menjadi MADRASAH ALIYAH NEGERI NGRAHO yang beralamatkan di Jl. Raya Tinggang No. 157 A Ngraho. Pada tahun 2017 Berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI No. 673 Tahun 2016 Tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Propinsi Jawa Timur maka MAN Ngraho Berubah nama menjadi Madrasah Aliyah Negeri 3 Bojonegoro.